Maschinenwerkzeuge werden für jeden Fräsvorgang individuell zusammengebaut. Dies übernehmen ausgebildete Zerspanungsmechaniker. Große Unternehmen haben für diese Aufgabe eine eigene Abteilung, die Arbeitsvorbereitung. Nach der Fertigstellung des Fräsproduktes werden die Maschinenwerkzeuge wieder zerlegt und gereinigt. Da an den Fräsen und Bohrern immer ein gewisser Verschleiß vorliegt, werden sie überprüft und gegebenenfalls überarbeitet. Hartmetall-Werkzeuge werden durch Fachkräfte geschliffen. Teilweise sind die Maschinenwerkzeuge extrem scharf. Bei den "Helix-Fräsern", die zum Erzeugen von besonders glatten Oberflächen verwendet werden, genügt die kleinste Berührung, um tiefe Schnittwunden zu erzeugen.
Das Hantieren mit Maschinenwerkzeugen sollte deshalb grundsätzlich mit schnittfesten Handschuhen geschehen. Häufig sind Maschinenwerkzeuge stark mit anhaftendem Kühlschmierstoff verschmutzt. Dies gilt vor allem für Aufnahmen von Gewindebohrern. Dieser bildet beim Ausblasen des Werkzeugs einen Ölnebel. Das Tragen eines Atemschutzes ist deshalb ebenfalls eine sinnvolle Maßnahme. Maschinenwerkzeuge sind sehr teuer. Dies gilt umso mehr für Spezialwerkzeuge, wie beispielsweise Rolliergeräte. Diese formend arbeitenden Werkzeuge können bis zu zehntausend Euro kosten. Eine entsprechende Einweisung der Arbeitskräfte sorgt hierbei für das nötige Bewusstsein beim Umgang mit den Maschinenwerkzeugen.